Čeprav probiotiki veljajo za koristne za zdravje, lahko pri nekaterih ljudeh začetno zaužitje teh mikroorganizmov povzroči vrsto neprijetnih simptomov. Pri prvem jemanju probiotikov lahko nekateri ljudje občutijo simptome, kot so napihnjenost, driska, glavoboli, zvišana telesna temperatura, bolečine v mišicah, možganska megla in morda tesnoba. Ti simptomi naj bi bili odziv na spremembe, ki se pojavljajo v telesu, kot je propad potencialnih patogenov ali ponovna aktivacija črevesnih odzivov, pojav, ki ga včasih imenujemo "Herxheimerjeva reakcija".
Herxheimerjeva reakcija je začetni odziv, ki običajno kaže, da se telo prilagaja novemu mikrobnemu okolju. To je lahko posledica interakcije probiotikov z obstoječo skupnostjo mikrobov, kar povzroči smrt bakterij ali sproščanje metabolitov, ki sprožijo te simptome. Čeprav je ta reakcija neprijetna, je običajno kratkotrajna in hitro izzveni. Lahko si ga predstavljamo kot del telesnega procesa homeostaze.
To običajno prizadene le majhno število ljudi, simptomi pa so blagi in običajno trajajo le nekaj dni do nekaj tednov. Če vam ti simptomi povzročajo nelagodje, lahko zmanjšate odmerek ali ga prenehate uporabljati za nekaj dni, preden poskusite znova; če ti simptomi trajajo več kot nekaj tednov, ga prenehajte uporabljati; če imate težko dihanje, stiskanje v grlu, koprivnico ali druge simptome alergijske reakcije, takoj prenehajte z uporabo. Da bi zmanjšali možnost neželenih učinkov, zlasti pri tistih z občutljivim prebavnim sistemom, je pametno začeti z majhno količino probiotikov in nato čez nekaj tednov odmerek povečevati.
Probiotike je treba uporabljati še posebej previdno pri tistih s hudimi imunskimi pomanjkljivostmi, saj lahko v redkih primerih zaužitje probiotikov povzroči okužbo. To je zato, ker imunski sistem ne more učinkovito nadzorovati širjenja mikroorganizmov v telesu, kar povzroča tveganje za okužbo.
Nekateri ljudje imajo lahko alergične reakcije na nekatere vrste probiotikov, zlasti kvasovke, povezane s Saccharomyces boulardii. Druge vrste probiotikov, kot so laktobacili, praviloma ne povzročajo alergijskih reakcij.
Nekateri probiotiki lahko proizvajajo histamin v prebavnem traktu. Prekomerno sproščanje histamina lahko povzroči simptome, kot so srbenje, povečano nastajanje solz, izcedek iz nosu, težave z dihanjem, rdečina in oteklina, zlasti pri tistih z intoleranco za histamin. Izogibajte se tem probiotičnim sevom, da preprečite nelagodje.