Pri vključevanju probiotikov v prehranske matrice se je treba osredotočiti na devet izzivov. So: 1. izbira sevov, 2. proizvodnja sevov, 3. kako ovceliti hrano, 4. kako zagotoviti preživetje med predelavo, 5. kako preprečiti izgubo sposobnosti preživetja med skladiščenjem, 6. kako izračunati [Probiotiki] Število kolonij, 7. Učinki na lastnosti čut za živila, 8. [Ohranjanje] stabilnosti proizvoda v domovih potrošnikov, 9. In igrajo vlogo v prebavnem traktu.
Natančneje, v sokovih organske kisline pogosto prinesejo pH izdelka pod 4, kar bo zaviralo preživetje probiotikov. Pri izbiri je treba upoštevati tiste probiotike, ki prenašajo nizek pH, kot je Lactobacillus nad Bifidobacterium.