Po pojedu prebiotikov gredo neposredno v veliko črevo, kjer jih fermentirajo koliformne bakterije za izkoriščenost energije, proizvajajo pa tudi kratko verižne maščobne kisline SCFA, predvsem ocetno kislino, propionsko kislino in butirsko kislino ter mlečno kislino in plin. [6]
(1) Proizvodnja kislin
Organske kisline, ki jih proizvaja črevesna flora presnavljajo hrano, lahko na eni strani zagotovijo energijo, ki jo potrebuje človeško telo, na drugi strani pa lahko zmanjša pH vrednost črevesnega trakta in tvori okolje, ki ne ugaja preživetju patogenih bakterij, s čimer učinkovito zavira črevesno korupcijo in izboljšuje. Hitrost absorpcije mineralnih elementov, spodbuja črevesno peristalzo in olajša deekacijo. Na splošno Lactobacillus proizvaja le mlečno kislino, medtem ko Bifidobacterium proizvaja predvsem oceto kislino in majhno količino mlečne kisline. Po presnovi prebiotikov s črevesno floro se bo ustvarila tudi velika količina organskih kislin, ki bodo znižale črevesno pH [7]. Med njimi sta galakto-oligosaharid in laktuloza imela največjo proizvodnjo kislin, inulin pa je imel najmanjšo proizvodnjo kislin. Proizvodnja različnih organskih kislin po presnovi prebiotikov so: ocetna kislina LACT, GOS, SOS>FOS, IMO, XOS>Inulin; gos mlečne kisline, SOS>XOS, IMO, LAKTATA>FOS, inulin; propionska kislina LACT, Inulin , XOS, FOS>SOS, COS>IMO. [6]
(2) Proizvodnja plina
Poleg bifidobakterij in laktobacilijev v človeškem črevesnem traktu lahko skoraj vsa druga flora proizvaja plin, kar povzroči, da človeško telo doživi različne stopnje napihnjenosti in prdenja. Po presnovi prebiotikov s črevesno floro se lahko proizvede določena količina plinov, kot so CO2, H2 in CH4. Čakaj. Zaradi razlike v glikozidnih vezavah in sestavi bodo različne prebiotike izrabljene z različnimi vrstami bakterij, ki proizvajajo plin, proizvedeni plin pa bo drugačen. Rycroft et al. je primerjal celotno proizvodnjo plina različnih prebiotikov s poskusi in vitro in ugotovil, da so izomaltooligosaharidi in galaktooligosaharidi prebiotiki z najmanj skupno proizvodnjo plina, inulin pa je tisti z največjo skupno proizvodnjo plina (glej sliko 3). Poleg tega je Oku et al. [izvedla klinično preverjanje o proizvodnji vodika treh prebiotikov, oligofruktoze, oligofruktoze in izomaltooligosaharida. Ne glede na prehranski odmerek 10g/d ali 20g/d je vsa oligomerna fruktoza proizvedla največjo količino vodikovega plina, izomaltooligosaharidi pa najmanj količino vodikovega plina.